本游戏故事背景基于端游《穿越火线》原作的世界观基础创作
诸神竞技场的惨烈战斗之后，Blitz组织元气大伤，蛰伏数年，各国政府抓紧时间修复家园，发展军备以防Blitz卷土重来。
在军备竞争中，A国政府进行深海探索时意外发现了一种神奇的核芯能源晶体。A国历时数年，在付出巨大代价后终于获取了这种能源晶体的巨型原矿，它拥有惊人的力量。
A国能源研究所的科学家们将巨型原矿分解成无数原石晶片，在初期进行的生物实验全部失败的情况下，结合在雷霆塔缴获的科技资料，开发了名为“Fire-Core”的智能武器系统。
该系统将所有武器升级为智能武器，武器被分解为若干组由原石晶片制作的核芯，核芯携带有编码，来自独特的武器编码库，每一类核芯编码都可以为对应的武器提供动力支持，使枪械拥有独特的技能，革新了武器技术。
A国将这一智能武器系统秘密投入小规模试运行实验，并取得了极大的成功。就在此时，能源研究所被不明团体袭击，智能武器样本、相关研究资料及大部分核芯被劫掠一空。
袭击事件之后，由于事态严重，A国政府不得不承认他们同时还在使用核芯进行生物体实验的事实。根据为数不多的实验成果来看，核芯力量一旦与生物融合成功，将会制造出远比Blitz生化怪物更可怕的生化兵器。这种力量一旦为Blitz所用将会造成不可设想的后果。
因此由保卫者和潜伏者组成的世界联军临危受命，以优先使用所剩不多的智能核芯武器为条件，派出了精英回收小队，回收外流的核芯。作为报酬，由A国提供技术支持，回收核芯中的一部分归联军所有，用于智能武器升级。
从一艘公海上的运输船开始，回收小队在执行任务过程中逐渐发现了Blitz的活动痕迹，种种试图融合核芯的生化怪物不断出现，威胁着人们的安全。而随着调查的深入，Blitz的阴谋也逐渐露出了它的真面目……
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