千层妖塔是游戏里的重要特色系统之一。主公等级达到25级后开启，主公必须从第一层开始往上面挑战，每打赢一层便可获得一定的奖励并开启下一层关卡，如遇挑战失败，可以更换阵容或者等战斗力提升后再来尝试。
20级后，点击主城右下角的“千层妖塔”建筑进入系统，进入后系统会默认显示当前可挑战层数。主公可点击本层信息栏的挑战按钮进行挑战。
每次挑战成功可获得本层的奖励，不同的关卡获得核心奖励不同，玄金和黑铁两种，可以在右上角的装备商店兑换相应的装备。
当主公挑战到打不过的层数，可以选择重置来重新开始挑战行程（从第一层开始）。
主公每天有3次重置的机会（每天5:00会刷新重置次数），一次免费，两次付费。重置后，将会再次获得每一层的通关奖励。每遇5的倍数层，可以获得一次大额奖励。
每次重置后，为了节省时间，主公可以选择自动扫荡，直到当前可挑战层数为止。扫荡会根据挑战通关的层数计算时间进行倒计时（每层30秒），倒计时为0时则自动挑战结束，系统自动发放奖励。
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